본 교회의 제도는 다음과 같다.

회원 예수를 믿기로 작정하고 교회에 출석하여 구도한지 6개월이 넘고, 회개한 이를 학습인으로 세우고, 학습 받은 지 6개월이 넘고, 확실히 중생한 증거가 있는 이에게 세례를 베풀고 입회식에 참예함으로써 비로소 그 교회의 회원이 된다.

당회 당회라 함은 담임목사와 시무 중에 있는 장로로 구성되는 교회의 최고 정치기구이다. 다만, 교회 안에는 사무처리 기관으로 직원회와 사무년회를 두고 교육기관으로 교회학교와 봉사기관을 둘 수 있다.

감찰회 감찰회는 지교회에서 지방회에 정회원으로 보낸 목사와 장로로서 구성되는 정치기구이다.

지방회 지방회는 지교회에서 정회원으로 보낸 목사와 장로로서 구성되는 정치기관이다. 다만, 지방회 안에 각 부, 각 기관, 각 기관연합회, 각 협력기관을 둘 수 있다.

총회 총회는 각 지방회에서 보낸 대의원으로서 구성되는 본 교회의 최고 정치기관이다. 다만 총회 안에 남전도회전국연합회, 여전도회전국연합회, 청년회전국연합회, 학생회전국연합회, 주일학교전국연합회를 구성한다. 총회 집행기관으로는 임원회와 실행위원회 및 총회본부를 둔다.

본 교회에 속한 모든 산하교회는 [예수교대한성결교회 ○○교회] 라고 한다.

본 교회 안의 재산을 보관하려고 재단법인체를 둔다.

본 교회 교역자와 지역사회 지도자 양성을 위하여 신학대학교, 총회성결교신학교, 신학대학원을 운영한다.